Для разделения данных регистров на отдельные байты лучше использовать другой подход (см. вложение c53pico_CRC_fail.cfd Составной блок 1). В этом случае симулятор запускается.
Группа блоков "Сдвиг влево" (на 8) + "Сдвиг вправо" (на 8) очевидно используется для выделения младшей части (байта) 16-битного регистра. Это можно заменить одним блоком "Побитовое И" со значением 0x00FF.
В разных составных блоках, внутри одного общего, применяется большое количество одинаковых конструкций (отличающихся 1 элементом), которые можно либо вынести наружу (сделать общими), либо объединить эти блоки в один, с некоторой доработкой. Так, например, мог бы выглядеть блок "CycleX" (см. c53pico_CRC_fail_cycle.cfd).