В чем отличие?

Различие, которое сыграло решающую роль в вашем случае - в быстродействии. CANNY 5 nano работает в 2-4 раза медленнее чем CANNY 7. Диаграмма выполняется не мгновенно, скорость выполнения зависит от размеров диаграммы и использованных в ней элементов, от производительности процессора и загруженности периферии в каждый конкретный момент времени. Получить фактическое время исполнения каждого цикла контроллером можно из регистра "Состояние контроллера" -> "Регистр контроля длительности программного цикла". Любой временной параметр на диаграмме будет рассчитан с шагом равным этому значению. Таким образом, если диаграмма исполняется скажем 6 мс (что близко к реальному результату для вашей диаграммы на CANNY 5 nano), а ваш ШИМ на диаграмме имеет период 20 мс а скважность 15 мс, то корректно работать он не будет - время для контроллера будет двигаться скачками по 6 мс и он будет пропускать моменты когда нужно переключать состояние ШИМ. Для обхода ограничений связанных со временем исполнения диаграммы конкретно для ШИМ служат драйверы ввода-вывода ШИМ и ВЧ ШИМ, но для вашей задачи они не годятся.

Пример отправки в CAN сообщений с минимальной задержкой на которую способен контроллер прилагаю, сможете сравнить производительность CANNY 5 nano и CANNY 7 в вашей задаче.

От себя добавлю: на практике, отправлять сообщения зачастую можно и пореже, на результат это влияет крайне редко.