Прежде всего, помните о том, что диаграмма исполняется не мгновенно. Любые измерения времени и изменения состояния каналов контроллера производимые из диаграммы происходят один раз в период работы диаграммы, который длиттся от ~2 до ~100 мс*, в зависимости от числа блоков на диаграмме и загруженности системного ПО контроллера.
* Период работы конкретной диаграммы на каждом конкретном цикле её выполнения, можно получить из регистра "Состояние контроллера" -> "Регистр контроля длительности программного цикла, мс"
В данной диаграмме идет обработка значений порядка 5-20 мс, что при использовании прямого управления каналами контроллера, ввиду сопоставимой по времени длительностью обработки диаграммы контроллером, приведет к неудовлетворительным результатам.
Специально для таких случаев в системном ПО контроллера реализованы различные асинхронные драйверы периферии. В данном случае следует использовать режим ШИМ драйвера ввода-вывода. Прочитайте его о нем на стр. 102 руководства.
Кроме того, мне не совсем понятен алгоритм расчета значений примененный в диаграмме. Возможно если вы опишете его на словах или приведете формулу, то это поможет мне разобраться в нем.