Вопрос был, что RS-232 на компьютере видится как СОМ-порт. В связи с этим можно также использовать для наблюдений за контроллером гипертерминал,  или нужны другие программные средства? У меня недостаточно знаний по программированию, от того и спрашиваю.

В общем случае можно использовать терминал. Так или иначе, состав данных передаваемых контроллером по последовательному порту как значение данных принимаемых по нему, определяете вы в диаграмме. Если эти данные будут представлены в ASCII, то в этом случае терминал будет вполне применим для взаимодействия с контроллером.

Например:

https://forum.canny.ru/viewtopic.php?id=573

https://forum.canny.ru/viewtopic.php?id=312

https://forum.canny.ru/viewtopic.php?id=177

Было бы очень хорошо, если бы такими словами было написано в руководстве, куда ведет ссылка. Когда я это прочитал и выполнил, то снова восстановилась связь и через гипертерминал удалось протестировать таймер. По документу такой порядок действий оказался неочевидным.
2. Вопрос был, что RS-232 на компьютере видится как СОМ-порт. В связи с этим можно также использовать для наблюдений за контроллером гипертерминал,  или нужны другие программные средства? У меня недостаточно знаний по программированию, от того и спрашиваю.
3. Сразу надо сделать акцент, что у меня включено увеличение тактовой частоты и секунда должна состоять из 10000 тактов.
4. Наблюдение за таймером в течении часа показало, что за 1 час (точнее за 62 минуты) внутренний таймер отстал на 106 сек. Что составляет примерно 28,5 мс/сек. Простой перерасчет показал, что реально в секунде не 10000 тактов, как предполагалось, а всего 9715.
5. Заменив в программе 10000 на 9715 снова провел тест времени. За ночь (10 час) внутренний таймер ушел вперед примерно на 2-2,5 сек. То есть настроить точный ход всё таки можно.
6. Не исключаю, что без увеличения тактовой частоты (когда 1 сек=1000 тактов) коэффициент будет другой. Так же не исключаю, что коэффициент зависит от величины и сложности конкретной программы. И также от конкретной платы контроллера. Надо всё проверять. Мне суточная точность времени принципиальна, я ищу решение. Для кого это не особенно важно - заморачиваться не надо.
7. Будет время (выходные), подберу поточнее коэффициент с более тщательной проверкой работы. В том числе посмотрю, не собьется ли таймер с отключением контроля по USB и с изменением программы (исключение отладочных блоков).
И ещё выложу картинки, чтобы было видно соотношение работы внутреннего таймера и часов компьютера.
Спасибо службе поддержки за комментарии

...Далее относительно промежутков времени остается только теоретизировать.
В сутках 86400 сек. При потере 20 мс на каждой секунде, за сутки потеряется 0,02*86400=1728 сек или 28,8 мин...

Контроллеры CANNY 3 Tiny в отличие от старших моделей не имеют на борту кварцевого осциллятора. Встроенный RC-осциллятор контроллера имеет погрешность ~1%, величина которой зависит от температуры окружающей среды.
Кроме того, в режиме увеличенного разрешения системного таймера, погрешность в значениях временных интервалов увеличивается. Для повышения точности в данном случае лучше использовать стандартное разрешение системного таймера. Для достижения наибольшей точности, требуется провести калибровку контроллера (практическую), выяснить погрешность и компенсировать ее в диаграмме.
Во вложении пример учета отклонений в измерениях времени. При испытании на стенде такой подход позволил получить отклонение менее 1 секунды за 1 час.

При отключении от USB что-то случилось с контроллером и при повторном подключении контроллер перестал определяться как COM-порт, а определяется как USB-устройство ввода.

Если не подключенный к питанию контроллер подключить к USB, он перейдет в режим связи с CannyLab / загрузки ПО: https://canny.ru/docs/c3tiny/#sec--c3ti … agruzki-po

Если же в контроллер записана диаграмма использующая драйвер VCP и контролер сначала подключен к питанию, а потом к USB, то он определится как Virtual COM Port и с ним можно будет взаимодействовать используя терминал, если такое взаимодействие предусмотренно в диаграмме: https://canny.ru/docs/c3tiny/usb/#sec-- … e-opisanie

Используя драйвер UART в режиме инвертированной полярности: https://canny.ru/docs/c3tiny/uart/#sec- … e-opisanie

Далее относительно промежутков времени остается только теоретизировать.
В сутках 86400 сек. При потере 20 мс на каждой секунде, за сутки потеряется 0,02*86400=1728 сек или 28,8 мин.  Если потери составят 50 мс на каждую секунду, то за сутки потеряется уже 72 минуты. В силу описанных выше условий не могу сказать, насколько у меня расходится суточный таймер и где и сколько мс теряется... Но по ощущениям теряется. Я начал данное исследование, чтобы понять, в чем именно причина. И причину не нашел, и контроллер подпортил...

Получается, что надо суметь определить погрешность суточного хода, и зная погрешность суточного хода необходимо программно ежедневно вносить коррекцию на эту погрешность суточного хода.

Автор, начавший данный пост, утверждал, что секунда в контроллере длиннее стандартной секунды. Я с ним согласен, но к сожалению привести конкретные цифры не могу. 
Думаю, что  в каждом конкретном случае это можно сделать только методом последовательных приближений.
Я надеюсь, что точность всё-таки достижима. Но не с первого раза. И обязательно сразу получайте обратную связь из контроллера в компьютер, чтобы точно видеть, насколько расходится суточный ход контроллера.

Прикладываю свой файл, может вдруг я зря грешу на таймер.
Контроллер CANNY 3 Tiny

...Отсчет идет с 1 секунды, а не с 0, если это критично...

Если между блоками 1 и 2 поставить, например, детектор переднего фронта, то отсчет будет идти с 0 секунды. Либо для компенсации описанного эффекта, для получения 1 минуты, можно проводить сравнение не с 60, а с 61.

В симуляторе, для отслеживания изменений состояний, можно использовать, например, "контрольные точки". Подробнее см. https://canny.ru/docs/cannylab/simulato … o-usloviyu

Ну и может есть проще способ задавать длинные задержки?

Есть: https://canny.ru/docs/tips_tricks/clock/

Вопрос: из-за того что результат после сравнения значений X и Y (блоки 3, 5 и 8) появляются на мгновение, в симуляторе их не видно, возможны ли при работе в железе игнорирование этих значений и лучше добавить задержку выключения для каждого этого блока на 100 мс?

Ну и может есть проще способ задавать длинные задержки?