Если плата контроллера питается от 5 вольт, то на вход можно подавать только 5 вольт или 12 так же можно?
Контроллер Canny 3 tiny

Лучше всего конечно питать от 12 вольт. Но если очень хочется, и обстоятельства складываются таким образом что приходится питать от 5 вольт. А входные сигналы 12 вольт. Или даже и больше.

То можно и 12, но тогда нужно ставить резистивный делитель (делители). Вот тогда можно давать эти 12-ти вольтовые сигналы безопасно для платы.

С учетом того что там есть защита. Нужно понимать. Что это режим защиты, то есть крайний случай. Это от импульсных перегрузок. И злоупотреблять ним не нужно.
Резистивный делитель, выручит. Если ожидаются импульсные помехи большой амплитуды. То тогда нужно добавить к резистивному делителю конденсатор. Он надежно сглаживает подобные импульсы. Это все типовые схемы в свободном доступе.