Перепробовал все конфиги, диаграмма заливается но ничего не работает. Контролер новый правда на плате v 2 написано. Может софт нужен какойто старый?

В диаграмме проблем я не вижу. Используйте самую свежую версию CannyLab 2.18, запишите в контроллер сначала системное ПО из состава этой версии CannyLab, а затем вашу диаграмму. После чего, отключите контроллер от USB, подключите к основному питанию и проверьте замыканием канала 9 на GND

Входной и выходной каскады контроллера конфигурируются раздельно и могут быть использованы одновременно. См.: https://canny.ru/docs/c53pico/io/#sec-- … ontrollera
Использованный в диаграмме способ внутренней подтяжки канала контроллера к напряжению питания контроллера является рекомендованным.