Драйвер высокочастотного широтно-импульсного модулятора (ВЧ ШИМ) в своей работе использует ресурсы драйвера каналов ввода-вывода и драйвера силовых выходных каналов имея, при этом, более высокий приоритет. Таким образом, при активации драйвера ВЧ ШИМ, используемые им каналы контроллера становятся недоступны для соответствующих драйверов.
Для изменения конфигурации силового канала (изменения полярности) необходимо передать его под управление драйвера силовых каналов. Для этого на время смены полярности достаточно отключить его привязку к драйверу ВЧ ШИМ (см. https://canny.ru/docs/c72alfa/pwm/#sec- … sti-raboty).
Вариант решения во вложении.