Правильно я понимаю что при наличии функциональной диаграммы в контроллере в которой будет такой положительный регистр, сама функциональная диаграмма выполнится? Потом будет сброс, потом функциональная диаграмма опять выполняется?

Контроллер будет сбрасываться после каждого первого цикла исполнения диаграммы.

Таким образом и должен быть выполнен. Если для вас важно, чтобы диаграмма никак себя не проявила на первом цикле исполнения после сброса, то можно обусловить весь ваш алгоритм успешным прохождением верификации. Кстати, для этого может быть удобно использовать составной блок со служебный входом "EN/RST": https://canny.ru/docs/fbd/composite/composite_block/

Правильно я понимаю что при наличии функциональной диаграммы в контроллере в которой будет такой положительный регистр, сама функциональная диаграмма выполнится? Потом будет сброс, потом функциональная диаграмма опять выполняется?

Если да, то каким образом тогда должен быть выполнен циклический сброс https://canny.ru/docs/tips_tricks/id_verification/ в случае не прохождения верификации устройства?

"контроллер, по алгоритму автора диаграммы, может быть переведен тот или иной режим некорректной работы, например в циклический сброс"